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第一部・桔梗の巻▼第1話／第1章・妖術[プロローグ]▼第2話／怪人暗夜軒▼第3話／妖術（丑三）▼第4話／第2章・謎の群・真田の忍者▼第5話／謎の群▼第6話／真田剣流▼第7話／真田屋敷▼第8話／第3章・死の影・剣光▼第9話／割散▼第10話／猿風▼第11話／死の影▼第12話／第4章・密宗・風魔▼第13話／流光▼第14話／密宗▼第15話／丑の刻▼第16話／風穴▼第17話／茨木。第二部・丑三の巻（一）▼第18話／第1章・小法師▼第19話／第2章・夜鷹▼第20話／第3章・死の商人▼解説／副田義也　●登場人物／桔梗（大和高原の一角に暮らす少女）。暗夜軒（丑三の術を操る謎の怪人）。油屋の妖蔵（油屋稼業の裏で人身売買や武器の売買も行う商人。丑三の書を狙う）。岩波乱童（桔梗の祖父。岩波流銃術の使い手）。　●あらすじ／慶長年間、大和高原の一角の大自然の中で祖父の岩波乱童と暮らす娘・桔梗は、暗夜軒の一味に囲まれていた剣士の助けに入るが、逆に危機に陥ってしまったところを祖父に助けられる。暗夜軒は丑三の術で乱童の命を奪うといい残して消えていく。翌日から乱童の身の回りに不気味な人形が現れるようになり、乱童は高熱を発し、桔梗に一本の巻物を託して死んでしまう（第1話）。▼秘密の実験を見てしまった桔梗は、忍者に殺されかける。そこに金色の鳥が現れて桔梗を連れて飛び去っていくが、巻物を落としていってしまう。河原で意識を回復した桔梗は、巻物がないことに気づく……（第2話）。　●その他の登場キャラクター／猿飛、霧隠、穴山小助（真田の忍者）。武蔵（剣術の修行のため放浪している。後に二刀流に開眼）。南海坊天海（家康の参謀役の怪僧。暗夜軒を操る）。服部半蔵（公儀隠密団の首領）。太郎（風魔の一族の忍者）。

第二部・丑三の巻（二）▼第1話／第4章・夜賀のコワミ▼第2話／第5章・共鳴りの術▼第3話／第6章・陰月の太刀▼第4話／第7章・三つボクロ▼第5話／第8章・風魔一族▼第6話／第9章・風魔主領▼第7話／第10章・怪僧天海▼第8話／第11章・タンジン▼第9話／第12章・丑三　●登場人物／桔梗（父の行方を捜す少女）。暗夜軒（丑三の術を操る謎の怪人）。太郎（風魔の一族の忍者）。油屋の妖蔵（油屋稼業の裏で人身売買や武器の売買も行う商人。丑三の書を狙う）。服部半蔵（公儀隠密団の首領）。猿飛、霧隠、穴山小助（真田の忍者）。　●あらすじ／夜鷹は半蔵の身柄と交換に、油屋の妖蔵に丑三の書を渡す。妖蔵は夜賀を巻物に記された地図のもとに、四貫目を巻物の残り半分を手に入れるために真田屋敷へと向かわせる。しかし、この一件に風魔の一族が絡んでいることを知った四貫目は、あっさりと任務から手を引く。一方、夜賀は追ってきた夜鷹と戦いを繰り広げていた（第1話）。　▼豊臣方と徳川方の決戦の日は近い。ふとしたことから丑三の書を手に入れた夜鷹は、どちら方につこうかと迷っていたが、柳生但馬に真田の猿飛を消すように命じられて道は決まる。その猿飛は謎の僧侶に姿を変えて農村に現れ、暗夜軒のもとへと迫っていた（第2話）。　●その他の登場キャラクター／岩波乱童（桔梗の祖父。岩波流銃術の使い手）。武蔵（剣術の修行のため放浪している。後に二刀流に開眼）。南海坊天海（家康の参謀役の怪僧。暗夜軒を操る）。百官（忍組合ともいうべき風魔一族の主領）。コッパ（父を捜している少年）。