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幻想郷は、一人の少女が永い眠りの中で見ている夢の世界だった。
少女は夢の中で“博麗霊夢”として、幻想郷という世界を治めていたが、その東方の夢は終劇を迎えることとなった。この物語は幻想郷が消えた後の物語である。

妖怪たちの奇跡で、魔理沙としての夢を見た普通の女子高生“澪音”。
幻想郷消滅の悲しき思い出は、一度は学校生活の中で薄れ、そして夢の記憶のように消え去っていた。

そんな中、彼女はひょんなことで一人の上級生“智明”と出会う。
友達こそ多いものの男性経験はからきしの澪音は、その出会い自体がトラブルのようなものだったこともあり、当初は彼を煙たがり敬遠していたが、とある事故をきっかけに二人は想いを寄せるようになる。

──しかしそんなカップル生活も長く続くことはなかった。

気づくと彼女は幻想郷にいた。
彼女は現世での記憶を全て失い、とある日の“魔理沙”と戻り、その郷での日常生活を送っていた。

季節は春、雪はとうに止み、新緑もまばらと見え始めているが、春は何かを悲しむように銀世界を一掃できずにいた。
彼女はいつものように神社の巫女を冷やかすべく、家を後にする──。

こうして彼女は東方“夢終劇”の世界、そして奇跡を繰り返し、ついに夢の主の少女に“再会”することとなる。