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「おれは勇者になることにした」
幼いころに捨てられ、母親の愛情を知らぬまま悪名高き七号孤児院で辛酸を舐めつくしたタケジョーは消極的な選択肢の中《勇者専門学校》に入校する道を選ぶ。中原を支配する央国の戦士《勇者》は、煌熱魔法ドグマを操り敵を殲滅する。
かつて央国を苦しめた国アルメンの異能戦士《ドグマストラ》の能力を徹底的に研究し産み出されたのが央国産ドグマストラ――《勇者》であった。タケジョーと勇者専門学校に集まった十一人の新入生は、入学初日から厳しい訓練を課せられ、勇者になるため地獄の日々が続く。そんな中、タケジョーは庶民の慎ましやかな生活を陰ながら護ることができる《勇者》になることに希望を見出すようになる。
ついに卒業を目前にしたある日、央国に敵対する北狄の攻撃に合う。襲撃部隊の中には、激烈な力を持つ、かつては央国の勇者だった男がいた。影修羅（カゲシュラ）―反・央国の旗幟を掲げた《黒金剛の血盟（ブラックダイヤモンズ）》に与した勇者。影修羅の前に同級生たち、そして一癖も二癖もあり実力派勇者で あるはずの教官たちさえも次々に撃破されてしまう。影修羅の圧倒的な力の前に、降伏を余儀なくされるタケジョー。絶望に打ちひしがれたタケジョーが選んだ 道とは…。

大正100年、浅草の街では女学校に通う少女たちが襲われ失踪するという事件が起きていた。
そんなある日、蔵前女学校に通う15歳の望月彩音は白装束の女が連れた巨大な狗に襲われる。彩音の窮地を救ったのは猫耳の少女を連れた如月藤花という魔女だった。藤花は浅草六区にある西洋式電影遊技場の地下に棲み、昼間は魔術を用いて遊技場を動かしている。これもすべて魔女の罪人として過去の“ある罪”を贖うためだという。彩音は藤花の邸に招かれ怪我の治療を受けるが、施された治療のため彼女の中に眠っていた魔術の《器》となる力が目覚めてしまう。
彩音は師匠となった藤花のもと、魔女の見習いである《魔術少女（まじゅつおとめ）》となり、両性具有の使い魔・皐月を従え連続少女失踪事件の解決をめざすのだった。しかし、偶然に出会ったはずの藤花と彩音の間には、ある因縁が隠されていた…。

女子大生リルは指導教官の奇怪な死に遭遇する。なんの前兆もなく、体をのけ反らせ背骨を粉砕されて死に至る……何とも不可解な死。事件直前、リルは 現場で生き物のように動く緑色の気体を目撃していた。その光景は十八年前の恐ろしい記憶を呼び戻す。幼いリルの目の前で、父もやはり緑色の気体に襲われ同じように絶命したのだった。
リルにしか見えない謎の気体、物質化された恐怖《Ｄ》の正体に挑むため、事件現場にいた少年が落とした懐中時計を手がかりに、友人の由加とともに行動を開始する。
異常な死亡事故の続発によって荒廃した《不適地区》で暗躍する集団、謎の少年グループの争いに巻き込まれながら、リルは《Ω都市計画社》がある計画のためにDを利用していたことを知る。