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日本の有名寺院に鳥居が立っている、不思議に思う人もあるが、元来、仏教が伝来以来千年以上前から、仏教仏像と神道祭神は混在して祭られ、明治維新の神仏分離令まで神仏習合として共存してきたのが「日本の宗教」であった。山岳信仰で各地に霊場・霊峰に神々に役小角の密教系仏像が信仰され、権現や明神が信仰された。また、浄土系や禅宗系や日蓮宗系以外は習合は拒否され、神社では、伊勢神宮や出雲大社や大神神社など純粋な神道以外は習合され、平安時代の熊野詣の様に神仏一体として神秘的霊場として、北は出羽三山から富士山御岳山、大峰山から伯耆大山から石槌から英彦山まで全国に広まって行った山伏の霊地聖地巡拝が神仏分離令で一番被害を被った。また、一般神社や寺院にも神仏に境なく一緒に祀られ、有力神社、寺院は神宮寺や神護寺が境内に祀られ、明治維新まで共栄共存で日本人の伝承文化として続けられたが、明治維新の王政復古の嵐に「廃仏毀釈」によって仏像の四割は破壊されて、分離された。一般寺院も門前に鳥居を立て、本尊を蔵に隠し、御神体前面にして、廃仏毀釈の嵐をやり過ごすした。日本中に道一つ隔てて神社と寺院が見受けられるのはその名残である。また日本各地に霊峰聖地の山岳信仰の神仏習合の峰々の寺社は強制的に分離させられ諸仏・経典など仏教に関わるものは廃棄・破却させられた。長年共栄共存で有り続けた日本伝統文化は根底から崩れ去った。