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理学部教授の天童将之と助手の里見春香とはお互いに意識しながらも微妙な関係。天童ラボでは一匹のネコを飼っていた。名前はミナミカゼ。通称「プー」。経済学部佐藤ゼミの女子大生香奈が連れてきたネコだ。将之の「シュレーディンガーの猫」の実験の際、生きている方のプーが波動関数の収縮前に大学の外へ逃げ出し、ロシア軍や自衛隊を巻き込んで大騒動に発展。平塚は核攻撃の危機に。居合道の達人で経済学部教授の佐藤清澄の機転で、自衛隊が核巡航ミサイルを撃墜し、危機は免れる。次いで、将之の古代ＤＮＡの研究では、木更津に巨大ムカデが出現。研究に関わったロシア軍も歯が立たず、自衛隊もお手上げ状態。その際、プーが以前の実験で瞬間移動の能力を獲得したことが判明。清澄はプーの助けを借りて巨大ムカデを倒す。天童ラボにはロシアの女スパイが現れ、将之を籠絡。将之と春香との関係が破綻する。女スパイの目的は将之のニホンザルの研究の奪取。ロシアの反大統領派は盗んだ研究を元にサルの軍隊を編成。大統領暗殺を企む。だが、自衛隊は政治的理由で今度ばかりは動けない。清澄は陰謀の阻止に立ち上がる。将之は清澄とともに竜王へ向かうが、途中でロシア軍に連行される。彼らは反大統領派の研究所を襲い、その壊滅に成功。研究所にいた武装ザルも殲滅する。だが、その時既に１個分隊のサル10頭がプーを追って研究所から出撃していた。竜王のスキー場では、プーを連れてスノボで逃げる香奈に、武装ザルのスキー部隊が迫る。さらにその後を、ロシアの軍用ヘリが追う。香奈は無事逃げ切れるのか？そして、春香と将之、ふたりの関係の行方は？